Hasta el 2015, el USGS operaba en cooperación con la Junta de Calidad Ambiental (JCA) una red de estaciones robusta a través de Puerto Rico donde se determinaban las características químicas, físicas y bacteriológicas de las aguas crudas en los ríos, lagunas y embalses principales. Desafortunadamente, debido a la recesión económica que ha sufrido PR durante la última década, estos programas de monitoreo fueron reducidos sustancialmente. Al presente, la JCA propia (ahora una rama bajo el Departamento de Recursos Naturales y Ambientales (DRNA), opera parte de la red anterior. El USGS opera una red limitada con fondos federales y en cooperación con varias agencias en PR. Estas redes se describen en forma general en el anejo del informe anual "305" de la Agencia de Protección Ambiental Federal (USEPA). Al momento de actualizar esta sección de este portal, no se dispone de mapas de las ubicaciones de las estaciones descritas en el siguiente anejo.