Uno de los estuarios más importantes en Puerto Rico es el de la Bahía de San Juan. Este estuario fue designado por la Agencia Federal de Protección Ambiental (USEPA) como parte de la red de “Estuarios Nacionales”, para promover su conservación y rehabilitación. Este estuario incluye la Bahía de San Juan y las lagunas Condado, San José, Torrecilla y Piñones, y los canales que las interconectan. El segmento oeste de la Laguna San José es referido como la Laguna Los Corozos, ya que en el siglo 19 un dique artificial la separaba del cuerpo principal de San José, el cual fue removido. El estuario se alimenta de agua fresca provenientes del Río Piedras y varios caños y quebradas que descargan escorrentía urbana, particularmente el Caño de Martín Peña y la Quebrada Blasina. El estuario incluye ambientes de arrecifes de coral, lagunas superficiales de mar abierto, áreas inter-mareales rocosas, dunas y playas, planicies arenosas, pantanos y salinas, pantanos salobres, pantanos de agua dulce, mangles, humedales boscosos, y lagunas o estanques de agua dulce. Hidráulicamente es un sistema complejo dominado por el reflujo de agua de mar controlado por las mareas en la zona (ver sub-página Lagunas). Existen diferencias significativas en la salinidad entre los cuerpos de agua que forman el estuario, así como variaciones en tiempo y espacio. Las Lagunas San José y Torrecilla exhiben las concentraciones y variaciones máximas de salinidad debido a múltiples conexiones al mar y descargas de escorrentía urbana de la zona de Carolina. Además, debido a dragados anteriores, bolsillos de agua de mar se mantienen en la Laguna San José en zonas donde las excavaciones impiden la circulación y mezcla del agua. En comparación, la salinidad en la Bahía de San Juan es similar a la que ocurre en el mar abierto (35 partes por mil (o/oo)). Cerca de la boca del Caño Martín Peña en la Bahía de San Juan, la salinidad disminuye respondiendo a descargas de agua fresca del Río Piedras y al flujo del propio caño. En este caño, predomina el agua fresca en la superficie del canal, flotando sobre agua salina de mayor densidad (USCOE, 2003), la mezcla altamente contaminada con descargas sanitarias de la zona de Cantera, donde se utilizan pozos sépticos.