El valor total de la escorrentía Q que emana de El Yunque (la suma del flujo promedio anual, Qpa, en todas las estaciones del USGS) se ilustra en millones de galones por día (mgd) en la figura a la derecha. El período de datos es del 1991 al 2011 y se escogió por ser el más completo de todas las estaciones del USGS. Esta figura incluye la tendencia acumulativa (“running average”, línea roja cortada) para el período de datos, reflejando un promedio al 2011 de aproximadamente 330 Mgd fluyendo desde El Yunque. En comparación, el año de menor escorrentía en el período ilustrado fue el 1994, cuando ocurrió la sequía histórica que afectó casi toda la región norte de Puerto Rico. El valor de Qpa emanando de El Yunque fue solamente 104 mgd, el 31 % del flujo a largo plazo. Este dato demuestra que El Yunque tambié sufre sequías severas periódicamente.
La tendencia de los valores de Qpa en la figura sugieren un aumento en el promedio. Sin embargo, esta serie de datos es de solamente 21 años, lo que impide concluir con confianza estadística si la tendencia es real o es un ciclo temporero de lluvias y escorrentías sobre el promedio. En el 2010 y 2011 la lluvia promedio en Puerto Rico excedió los máximos históricos para la Isla. Los hidrogramas de dos de las estaciones que drenan las cuencas principales de El Yunque para el 2010-11 (Rio Espíritu Santo y Rio Mameyes) se ilustran en la siguiente figura, que incluye los promedios mensuales históricos. El flujo promedio diario (Qpd) en ambas estaciones excedió significativamente el valor histórico. En ambas estaciones también se destaca la sequía moderada que experimentó la Región Norte a finales del 2010.
Un método para comparar la extraordinaria producción de escorrentía de El Yunque es calculando su producción por milla cuadrada de área de captación y compararla con otras cuencas en Puerto Rico. En el caso de las cuencas que drenan desde El Yunque, la producción promedio anual por milla cuadrada se ilustra en la tabla abajo, variando desde un mínimo de 1.95 pcs/mi2 hasta un máximo de 8.27 pcs/mi2. El valor bajo de 1.95 se debe a que la mayor parte de la cuenca del Rio Gurabo en el Mangó está fuera del centro de lluvia de El Yunque. La tabla también ilustra la producción por milla cuadrada de varias cuencas en los centros de lluvia de Puerto Rico, en estaciones en zonas relativamente despobladas. El rendimiento por milla cuadrada de estas cuencas es mucho menor que las de El Yunque.