La Ley de Aguas de Puerto Rico (Ley # 136 de 1976, enmendada) delega al Departamento de Recursos Naturales y Ambientales (DRNA) la conservación, uso, y manejo de las aguas en la isla. Esta delegación incluye las aguas de lluvia y escorrentía, las superficiales y subterráneas, y las aguas costaneras incluyendo los estuarios. El DRNA implementa la Ley 136 mediante el "Plan Integral de Recursos de Aguas de 2008 (PIRA)" y el "Reglamento para el Aprovechamiento, Uso, Conservación y Administración de las Aguas de Puerto Rico" (Reglamento # 6213 de octubre del 2000 (enmendado)). El PIRA establece las políticas públicas a seguir por el Gobierno Central para lograr los objetivos de la Ley 136 de garantizar abastos de agua seguros y abundantes actuales y en el futuro para la población y los sistemas naturales en Puerto Rico y sus islas adyacentes de Vieques y Culebra. El diagrama siguiente ilustra las funciones del DRNA y otras agencias del Gobierno de Puerto Rico que inciden con los elementos del PIRA.
La creación del DRNA en 1972 constituyó el primer paso dirigido a coordinar las funciones relacionadas al manejo y conservación de las aguas que hasta entonces estaban dispersas en diferentes agencias gubernamentales. Sin embargo, aún luego de la adopción de la Ley 136, al presente existen doce (12) agencias locales y federales con responsabilidades específicas referentes al manejo de los recursos de agua en Puerto Rico. A pesar de esta intensa ingerencia interagencial, los problemas de la calidad y cantidad de agua disponible para todos los usuarios (humanos y sistemas naturales) han persistido, y en el caso de la calidad del agua aparentan haberse agravado según documentado en los informes "305 (b)" de la Agencia de Protección Ambiental Federal (EPA) y la Junta de Calidad Ambiental (JCA). La Ley 136 establece un Comité Interagencial de Recursos de Agua, que incluye participación ciudadana, con el fin de coordinar al máximo el manejo del recurso. La AEE maneja los embalses y sistemas de riego bajo su jurisdicción sin consultar al DRNA, lo que en opinión de varios legados, contraviene la Ley 136. La ingerencia federal de la Agencia de Protección Ambiental Federal (EPA) y el Cuerpo de Ingenieros del Ejército (COE) complica la coordinación, ya que los estatutos federales a menudo confligen con las decisiones locales. En el caso del COE, la ley federal le permite contravenir decisiones del DRNA respecto a permisos para el uso y aprovechamiento del agua cuando agencias como el Servicio de Pesca y Vida Silvestre Federal (USFWS) y la EPA difieren del criterio local. De hecho, la EPA tiene la potestad de revertir una decisión del COE respecto a un permiso relacionado al uso del agua en aquellos cuerpos de agua de su jurisdicción (esencialmente todos los rios, quebradas, embalses y estuarios en la isla). La Ley de Aguas hace hincapié en la necesidad de manejar el recurso utilizando un enfoque integral a largo plazo. En teoría, el Comité de Recursos de Agua, que incluye agencias locales, federales y ciudadanos, debería ser el foco de coordinación de todas las partes.
Además de las responsabilidades delegadas al DRNA en la Ley de Aguas de 1976 para el manejo y conservación de los recursos de agua en Puerto Rico, las siguientes agencias federales y estatales también ejercen funciones relacionadas al agua que confligen directa o indirectamente con los esfuerzos del DRNA. Estas agencias incluyen:
- La Junta de Calidad Ambiental (JCA) es la agencia creada por la Ley Número 9 del 18 de junio de 1970, Ley sobre Política Pública Ambiental, la cual establece la política ambiental en Puerto Rico. Al amparo de esta Ley, la función de la JCA en lo concerniente a la calidad de los recursos de agua, y el establecimiento de leyes y reglamentos uniformes conjuntamente con la Agencia de Protección Ambiental Federal (USEPA) para el control de la descarga a las aguas de la isla de desperdicios o substancias que puedan alterar su calidad. La JCA ha promulgado estándares de la calidad química, fiísica y bacteriológica de las aguas aplicables a diferents usos. La JCA opera redes de estaciones monitoreo de la calidad de agua en pozos, embalses y ríos a través de Puerto Rico, Vieques y Culebra, para documentar y fiscalizar el cumplimiento con las leyes locales y federales vigentes sobre calidad de agua.
- La Autoridad de Acueductos y Alcantarillados (AAA) fue creada por la Ley Número 163 del 3 de mayo de 1949. Esta corporación pública tiene la función de proveerle a los habitantes de Puerto Rico servicios de agua potable y alcantarillado sanitario. Al presente (2013) la AAA provee estos servicios al 97 % de los 3.7 millones de habitantes de la isla. La AAA opera cerca de 120 plantas de purificación de agua y 80 plantas sanitarias. Los embalses suministran el 70 % del agua potable que la AAA produce, incluyendo siete (8) de su propiedad que administra conforme a sus necesidades de producción de agua potable.
- La Autoridad de Energía Eléctrica (AEE) fue creada por la Ley Número 83 del 2 mayo de 1941 bajo el nombre de la Autoridad de Fuentes Fluviales (AFF). La opera una red de 18 embalses principales que incluyen 20 plantas generadoras hidroeléctricas distribuidas a través de la isla, de las cuales 11 están en operación al presente (ver sub-página de Sistemas Hidroeléctricos). La AEE opera los embalses donde ubican las plantas de acuerdo a las necesidades de generación de energía que demande el sistema. El DRNA, al igual que en el caso de la AAA, no tiene facultad para intervenir en el proceso operacional de los embalses de la AEE. Además, la AEE es responsable de administrar todos los sistemas de riego de la Isla descritos en la sub-página sobre Sistemas de Riego, incluyendo la facultad por ley de poder vender el sobrante de agua que no tenga comprometida con los distritos de riego a usuarios no necesariamente agrícolas. La AAA es el usuario principal de los embalses propiedad de la AEE. obteniendo aproximadamente 200 millones de galones de agua por día de los embalses de la AEE. En dicho proceso no interviene el DRNA ya que la AEE tiene facultad para administrarlas conforme a sus prioridades. El DRNA vuelve a ser custodio de las agua una vez salen del embalse y vuelven al cauce del río donde éste ubica.
- El Departamento de Salud (DS), por delegación de la EPA a través de la Ley Federal de Agua Potable Segura (1970), y la Ley Número 5 del 21 de julio de 1977, tiene la facultad de establecer los niveles máximos de contaminantes que pueda contener el agua potable, y a la vez opera un sistema de monitoreo de las plantas potabilizadoras, tanques y sistemas de distribución de agua potable de la AAA para asegurar el cumplimiento de dichos límites. El DS es también responsable del monitoreo de los aproximadamente 120 sistemas comunitarios de abasto de agua privados (que sirven aproximadamente 150,000 personas) y de las plantas embotelladoras de agua.
- La Junta de Planificación (JP) fue creada por la Ley Número 213 del 12 de mayo de 1942. La JP tiene como función principal dirigir el desarrollo social, económico y físico de Puerto Rico. La JP tiene la responsabilidad de preparar el Plan de Desarrollo Integral para Puerto Rico, el cual debe incorporar los planes y programa que desarrollan las otras agencias. La incorporación de la protección del recurso agua como criterio para evaluar la viabilidad de un proyecto de desarrollo es requerido por varias leyes y reglamentos de la JP, particularmente en relación a ubicación de la infraestructura en terrenos inundables y la zona costanera.
- La Oficina de Gerencia de Permisos (OGPe), filial de la JP, tiene desde el 2010 la delegación de aprobar permisos que inciden en el uso del agua, aunque dicha delegación es en consulta con las agencias locales y federales pertinentes.
- El Cuerpo de Ingenieros del Ejército de Estados Unidos (COE) es la instrumentalizad federal más antigua vinculada a los programas de recursos de agua en Puerto Rico con funciones que incluyen investigaciones, diseño, construcción y operación de represas, canales, y mejoras en la zona costanera relacionada a el control de la erosión y la navegación. El COE emite permisos en coordinación con el DRNA para la extracción de agua para todos los propósitos (incluyendo para agua potable) de cualquier cuerpo de agua bajo su jurisdicción según definido en la Sección 404 de la Ley Federal de Agua Limpia de 1972.
- La Agencia de Protección Ambiental Federal (EPA), fue creada en 1970, y tiene responsabilidades reglamentarias en relación al control de contaminación en el agua (“Clean Water Act”) y en el aire (“Clean Air Act”), la disposición de desperdicios sólidos y sustancias tóxicas y peligrosas (“Resources Conservation and Recovery Act”), entre otras. Ha promovido legislación relacionada a los recursos de agua dirigida a establecer programas para la protección de abastos potable (por ejemplo, el “Safe Drinking Water Act”). Tiene la responsabilidad de implantar la política federal relacionada a la restauración y mantenimiento de la composición química, física y biológica de los recursos de agua. En Puerto Rico, algunas de estas funciones han sido delegadas a la JCA y al DS. Administra la Ley Federal de Agua Limpia delegando al COE las funciones de los permisos para obras en aguas bajo la jurisdicción federal, incluyendo rios, quebradas, embalses, estuarios y humedales.
- El Servicio Nacional de Conservación de Recursos Naturales (NRCS), anteriormente conocido como el Servicio de Conservación de Suelos (SCS) es parte del Departamento de Agricultura Federal mediante legislación del Congreso de Estados Unidos en el 1935. La agencia dirige programas de servicios de conservación en cuencas hidrográficas, realiza estudios y diseño de obras para el control de erosión, sedimentación e inundaciones. El NRCS realiza proyectos para controlar la erosión de los bancos de los cuerpos de agua, especialmente en quebradas con el fin de protegerlos de la fuerza erosiva del agua para que los sedimentos no lleguen a los embalses. Aunque el trabajo de esta agencia complementa las funciones del DRNA, a veces la coordinación de esfuerzos no es efectiva.
- El Servicio Forestal Federal (USFS) mantiene jurisdicción para emitir permisos de extracciones de agua en la Reserva Nacional El Yunque, en Luquillo.
- Otras dos agencias federales, el Servicio Federal de Pesca y Vida Silvestre (USFWS) y el Servicio Nacional de Pesquerías Marinas (NMFS). también intervienen indirectamente en la emisión de permisos por parte del Cuerpo de Ingenieros para la extracción o uso de agua dulce en ríos y embalses, o el uso del agua en la zona costanera jurisdiccional de Puerto Rico.
- El Servicio Geológico Federal de los Estados Unidos (USGS) tiene como responsabilidad principal operar la red de estaciones a largo plazo para determinar la cantidad y calidad de las aguas a través de Estados Unidos y sus territorios, y preparar estudios referentes a la calidad, cantidad, disponibilidad y uso del agua. El USGS también lleva a cabo desde 1957 en cooperación con varias agencias en Puerto Rico estudios a largo plazo y en áreas o cuencas definidas sobre la cantidad y calidad de aguas superficiales y subterráneas, así como la recurrencia de inundaciones, entre otros. El USGS no interviene en los programas para uso del agua, aunque indirectamente participa en programas de conservación por medio de recomendaciones técnicas en sus estudios.