La sedimentación de los cuerpos de agua es un proceso natural de los efectos del clima y la fisiografía de las cuencas. Todas las cuencas están sujetas a erosión debido a los efectos del viento y la lluvia sobre los diferentes tipos de suelos en la superficie del terreno. Los suelos erosionados son arrastrados primordialmente por la escorrentía resultante de la lluvia que no se evapora o se infiltra a los suelos. Este transporte de sedimentos ocurre en forma “laminar” (dispersa sobre el terreno) o turbulenta en los canales de quebradas y ríos, desde las zonas elevadas hacia las más bajas. Este proceso ha venido ocurriendo por cientos de millones de años desde el surgimiento de la plataforma de Puerto Rico sobre los antiguos mares en la zona de las Antillas Mayores. Los valles aluviales en las cuatro provincias costaneras de Puerto Rico fueron formados de los suelos erosionados primordialmente por la lluvia en la Provincia del Interior Montañoso, que fueron luego arrastrados por la escorrentía de los ríos que fluyen desde esta provincia hasta las costas. Un proceso similar ocurrió en varias cuencas centrales, incluyendo a Caguas-Gurabo, Cayey y Cidra. Debido a que la pendiente de los ríos y la velocidad del agua disminuyen desde las montañas hacia la costa, estos sedimentos (primordialmente arena, grava y cienos) se depositaron sobre las rocas calizas y volcánicas que ahora yacen bajo la superficie en las costas y los valles centrales. A través de los milenios el cauce de los ríos cambió frecuentemente en las costas y varias cuencas centrales, resultando en la deposición de los sedimentos en valles amplios que hoy forman los acuíferos aluviales costaneros y centrales de Puerto Rico.
Este proceso de erosión, transporte y deposición de sedimentos en todas las cuencas en Puerto Rico continúa al presente, aún cuando no percibimos sus efectos en los cuerpos de agua y valles interiores y costaneros debido a la escala del tiempo. Durante lluvias copiosas e inundaciones severas es visible el arrastre de sedimentos suspendidos en los cauces de los ríos, y las descargas de “plumachos” de sedimentos en los estuarios de los ríos principales. Durante crecientes extremas cuando los ríos exceden sus cauces normales, es visible la deposición de arena, grava y cienos sobre los valles. El efecto es más evidente en los embalses principales formados por represas que se han construido en Puerto Rico comenzando en 1913.