El USGS mantiene un programa cooperativo con varias agencias del Gobierno de Puerto Rico para determinar la cantidad de agua total que se usa en las actividades principales que utilizan el recurso. Estos usos de agua incluyen las extracciones por la Autoridad de Acueductos y Alcantarillados (AAA), extracciones para usos agrícolas, y usos industriales. Los datos se publican desde 1960 en informes de cada 5 años e incluyen la cantidad de agua que utiliza la AEE para generación hidroeléctrica, la cual se devuelve a los ríos y embalses y no se consume. El USGS publica estos datos cada 5 años aunque provee informes interinos a la AAA anualmente. La AAA estima que en el 2021 se extrayeron unos 540.57 mgd de aguas para sus sistemas, incluyendo fuentes superficiales y subterráneas. El programa del USGS incluye estimar las extracciones de aguas superficiales y subterráneas en cada municipio, irrespectivo si se transfiere a otros municipios en las redes de la AAA. Los datos de 1960 al 2020 se resumen en la figura siguiente reflejando las extracciones promedios diarias en millones de galones por día (mgd) por la AAA, el sector agrícola, y las industrias. Además se incluye la población a la que la AAA sirve agua potable. Entre el 2005 al 2020, las extracciones totales de la AAA se redujeron levemente en parte debido a mermas en consumo con la disminución en la población de la isla tras el huracán María en el 2015. Esta reducción continúa al reducirse la población en el 2022 a unos 3.2 millones de habitantes. El Censo Federal estima que la población de PR continuará disminuyendo debido a la combinación de emigración a EU tras los huracanes María (2015) y Fionna (2022), además de tasas de natalidad extremadamente bajas. Se estima que para el 2030 la población de PR mermará a unos 2.7 millones, reduciéndose proporcionalmente el uso de agua doméstico por parte de la AAA y los sistemas privados "Non-PRASA".
Los usos de agua agrícolas e industriales en la Isla se han reducido marcadamente debido a los cambios operacionales en ambos sectores. El riego agrícola alcanzó un máximo de aproximadamente 200 mgd en el 1985, cuando la industria azucarera comenzó a desaparecer, y al presente se utilizan solamente 38.5 mgd en toda la Isla para actividades agrícolas.
Las extracciones de agua para usos industriales se han reducido de un máximo de 175 mgd en1974 a 4.3 mgd al presente. Esta reducción obedece primordialmente a la desaparición de las industrias farmacéuticas y agrícolas (refinerías de azúcar) en la década de los 80. Además, el sector industrial reúsa una gran parte del agua que extrae, esto para minimizar los efectos de los permisos de descargas industriales requeridos por la JCA y la EPA.
La AAA ha iniciado un programa agresivo para recobrar el máximo del agua no-contabilizada con la meta de reducir en la próxima década este factor a la mitad del valor actual estimado. Varios estudios pilotos para detectar pérdidas se han llevado a cabo en comunidades y urbanizaciones en varios municipios de la Isla. Este programa se intensificará en el próximo año, incluyendo inversiones cuantiosas en infraestructura diseñada para reducir el valor del agua no-contabilizada.