Aunque los vertederos y rellenos sanitarios no están directamente relacionados a las fuentes de agua en Puerto Rico, estos sistemas constituyen una fuente actual y potencial de contaminación a las aguas superficiales y subterráneas de la Isla. La disposición de desperdicios sólidos (peligrosos y no-peligrosos) es reglamentada bajo el Subtítulo D de la Ley Federal de Conservación y Recuperación de Materiales (RCRA, por sus siglas en inglés). Dicha ley establece normas para la operación de los vertederos como rellenos sanitarios donde se recolectan y controlan la mayor parte de los contaminantes que estos sistemas emiten. En el caso del agua, los vertederos producen lixiviados que contaminan las aguas superficiales y subterráneas si no se controla su descarga.  Los lixiviados son mezclas líquidas de compuestos y suspensiones de los componentes de los desperdicios sólidos (DS) que resultan de reacciones físicas, químicas y bioquímicas con la lluvia que se infiltra a los vertederos.  En los vertederos construídos previo a el Subtítulo D, la ausencia de reglamentaciones permitía la descarga de materiales contaminantes, tóxicos y peligrosos mezclados con los desperdicios domésticos.  Desperdicios industriales y comerciales sólidos y líquidos, incluyendo compuestos orgánicos tóxicos, metales pesados, y solventes domésticos, se encuentran en estos antiguos vertederos. La lluvia sobre las áreas de descarga de los DS se infiltraba hasta las capas de desperdicios, disolviendo parte de los materiales y/o reaccionado químicamente con algunos.  En su paso por las capas de DS, el agua infiltrada se convierte en una "sopa" cargada de contaminantes orgánicos e inorgánicos llamada lixiviados. 

Los rellenos sanitarios modernos incluyen medidas para reducir la producción de lixiviados y para su recolección y disposición adecuada.  Esto se logra controlando la infiltración de la lluvia mediante cubiertas temporeras durante las operaciones y geomembranas impermeables luego del cierre de secciones o el total de la facilidad. La poca lluvia que se infiltra a un relleno sanitarios moderno produce lixiviados menos tóxicos que en los vertederos antiguos, pues se reglamenta estrictamente la descarga de materiales a los de origen domésticos no-tóxicos. Los rellenos sanitarios modernos incluyen sistemas de colección y almacenamiento de los lixiviados para prevenir su escape a los cuerpos de agua superficiales y subterráneos en su vecindad. El fondo del relleno sanitario se cubre con una geomembrana sintética resistente a los ácidos orgánicos en los lixviados, y con un sistema de tubos de colección de los lixiviados generados. Este sistema transporta los lixiviados a lagunas de retención también equipadas con geomembranas impermeables. Los lixviados almacenados se evaporan reduciendo su volumen hasta producir un residuo semi-sólido que se transporta a un relleno sanitario especial diseñado para recibir desperdicios tóxicos. 

Desafortunadamente, en Puerto Rico se han cerrado cerca de 50 vertederos que no cumplían con las normas del Subtítulo D y constituyen fuentes de contaminación a las aguas subterráneas de la Isla. Además, los rellenos sanitarios modernos en la Isla son híbridos entre los antiguos vertederos y las facilidades modernas.  Esto se debe a que todos los vertederos en operación en la Isla (32) incluyen áreas construídas previo al Subtítulo D que han sido cerradas con cubiertas impermeables para eliminar la infiltración de la lluvia.  Sin embargo, la oxidación lenta de los DS en estas áreas cerradas continuará produciendo lixiviados por décadas, aunque en cantidades declinantes.  

Se desconoce la cantidad aproximada de lixiviados que los vertederos descargan a los cuerpos de agua superficiales y acuíferos en Puerto Rico.  Es posible técnicamente estimarlo mediante simulaciones matemáticas que toman en cuenta la lluvia sobre el vertedero, la permeabilidad de la cubierta, la cantidad de DS, y los años desde el cierre de la facilidad.  Cada vertedero exhibe características únicas dependiendo de su localización, tamaño, y volumen de DS acumulados en las secciones sin geomembranas impermeables.  Si estimamos una tasa por metro cuadrado para una lluvia promedio de 50 pulgadas, es posible ajustar proporcionalmente para zonas con mayor o menor lluvia.  Este análisis sugiere que la descarga máxima puede ser del orden de ??? (PENDIENTE) millones da galones por año.  Este volumen no es significativo en comparación con otras fuentes de contaminación de las aguas superficiales y subterráneas, tales como los pozos sépticos y las descargas agrícolas.  
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