La geología de Vieques es dominada por rocas de origen volcánico y volcanoclásticas, con rocas intrusivas plutónicas hacia el norte y parchos de aluvión en el centro y las playas de Flamenco y Sardinera. Pantanos están presentes en la Laguna Flamenco y varias de las playas. Las rocas de origen volcánico son induradas, de baja porosidad y no forman acuíferos significativos, aunque es posible obtener cantidades pequeñas de agua subterránea en grietas y fracturas de estas rocas. El aluvión es de poco espesor, y tampoco es capaz de almacenar y rendir cantidades significativas de agua. Aunque es posible definir el manto freático a profundidades de cerca de 100 pies bajo la superficie en las zonas elevadas, esto no es un indicio de la existencia de depósitos de agua de importancia.
Hasta 1991 se habían hincado o construido 77 pozos en vieques, con profundidades desde 4 hasta 300 pies de profundidad (los pozos profundos eran para abastecer la planta desalinizadora de la AAA). La salinidad en esencialmente todos estos pozos excede las normas de la EPA para agua potable y las sales impiden su uso en cultivos agrícolas, por lo que la mayor parte han sido abandonados. Culebra no dispone de recursos de agua dulce significativos y en el futuro previsible será necesario continuar recibiendo agua potable desde Vieques, o desarrollar plantas desalinizadoras modernas.