La calidad de las aguas superficiales y subterráneas en Puerto Rico es variable dependiendo de la ubicación de las fuentes o recursos. En general, la calidad de las aguas superficiales es pobre, debido al gran número de fuentes de contaminación dispersas, principalmente pozos sépticos y descargas agrícolas. El informe "305b" sobre la calidad de las aguas superficiales en la Isla a finales del 2020 (emitido por la Agencia de Protección Ambiental Federal (USEPA)) documenta que en la mayoría de los ríos, quebradas, embalses y estuarios la calidad del agua no cumple con las normas federales para contacto humano (sub-página sobre el informe 305b en construcción).
El factor principal que impacta la calidad del agua es la gran densidad poblacional de la Isla. El Censo Federal de 2020 estimó la población en 3.15 millones de habitantes (refleja una reducción de 650,000 habitantes compardo con el Censo del 2010). Esta población está desparramada por toda la isla, cuyo tamaño de solamente 3,424 millas cuadradas (8,870 km2) resulta en una densidad de aproximadamente 964 habitantes por mi2, entre las 15 más altas en el planeta. La figura siguiente ilustra la magnitud del desarrollo urbano en Puerto Rico, enfocando en los centros urbanos de los 76 municipios y las comunidades rurales. La ilustración también incluye en azul las líneas de distribución de agua potable de la AAA, que se extiende por toda la Isla, sirviendo al 97 % de la población estimada en el Censo del 2020, y refleja la ubicación de residencias en grupos pequeños o individuales fuera de los centros urbanos o las comunidades rurales. El desparramiento urbano es más intenso en la Región Norte.
Estudios desde el 2012 (Quiñones, 2012) estiman el número de pozos sépticos domésticos en Puerto Rico en aproximadamente 560,000, construídos bajo reglamentaciones mínimas. Estos pozos sépticos descargan directa o indirectamente al medioambiente de la Isla aproximadamente 165 mgd de aguas sanitarias. Estas descargas sanitarias fluyen de las residencias al subsuelo, discurriendo hasta las quebradas o rios, o infiltrándose a los acuíferos. En la Provincia del Interior Montañoso, donde predominan los pozos sépticos, la infiltración a los acuíferos es mínima, y las aguas sanitarias eventualmente fluyen a las quebradas y ríos. En la Región del Karso, las descargas de los pozos sépticos se infiltran a los acuíferos, primordialmente al Acuífero Superior (Freático). Esas aguas sanitarias son una de las fuentes principales de bacterias fecales y nutrientes a las aguas superficiales. El otro factor son las descargas de criaderos de ganado, aves y cerdos, que están dispersos por toda la Isla. Desafortunadamente no existe una base de datos detallada de ninguna de estas fuentes dispersas, por lo que la solución a este problema de calidad de las aguas es extremandamente complicada y tomará decenas de años. Varios estudios del USGS en Manatí (Gámez, 199?) y la zona entre Salinas y Santa Isabel (Rdríguez, 2005) documenta concentraciones elevadas de bacterias y nitratos en las aguas subterráneas. En ambas áreas predominan los pozos sépticos, lo que sugiere que los efectos adversos de estas fuentes dispersas ha comienzado a impactar las aguas subterráneas en Puerto Rico.
Las descargas industriales no representan una fuente de contaminantes de importancia a los cuerpos de agua en Puerto Rico. Esto se debe a la implantación efectiva del programa federal de permisos de descargas de contaminantes ("National Pollutants Discharge Elimination System, NPDES"), administrado por la USEPA y la Junta de Calidad Ambiental de Puerto Rico (JCA). La monitoría continua de este programa por parte de la JCA y la USEPA ha eliminado esencialmente las descargas de contaminantes industriales y comerciales a los cuerpos de agua en la Isla.
Desafortunadamente, varios accidentes e incidentes de descargas industriales han contaminado sectores del Acuífero Superior en la Región Norte y del acuífero aluvial entre Guayama y Salinas. Solventes tóxicos (primordialmente tricloroetileno y tetracloruro de carbono) fueron descargados accidentalmente en sectores de estos acuíferos, incluyendo los derrames industriales en Barceloneta (Upjohn); Poderosa (GE); y Guayama (Phillips). Aunque se llevaron y/o se llevan a cabo programas para remover estos contaminantes de las aguas subterráneas de estos sectores, estos proyectos toman décadas y siempre permanece un residuo de los contaminantes. Además de estos focos principales, la JCA (con asistencia del USGS) y la USEPA identificaron varios otros focos de menor magnitud donde solventes se infiltraron de plantas industriales en Caguas, Cayey, San Germán, Aibonito, Humacao, y Cidra. La ubicación de estos focos de contaminación de las aguas subterráneas se ilustra en la siguiente figura. Además de estos focos, los vertederos activos e inactivos son fuentes de contaminación a las aguas subterráneas, lo que se presenta en la sub-página sobre vertederos y rellenos sanitarios.