El ciclo hidrológico o balance del agua del área que comprende el Bosque Nacional de El Yunque (defninido también en las investigaciones como el Bosque Experimental de Luquillo, "LEF") ha sido estimado por varios investigadores. En mayo del 2012, el Instituto Internacional de Dasonomía Tropical publicó un informe titulado "Luquillo Experimental Forest: Research History and Opportunities", donde se resumen entre otros temas varios de los estudios sobre la hidrología y el balance de agua en El Yunque. En estos estudios la finalidad fue estimar la precipitación promedio anual (Pa), la escorrentía promedio anual (Qpa), y la evapotranspiración actual (Eta) en los lindes de El Yunque. Los estimados de lluvia incluyen evaluaciones de la contribución de la condensación (C) directa sobre la cubierta de El Yunque separada de la precipitación pluvial. Los estimados de escorrentía se basan en datos de las estaciones de medir Q operadas por el USGS. La diferencia entre la suma de Pa más C (precipitación total) menos Qpa se asume corresponde a Eta. El factor de infiltración a los suelos y acuíferos no se considera, pues en el ciclo hidrológico anual estos factores son menores ya que el almacenaje mínimo que ocurre está en equilibrio (la cantidad que se infiltra es igual a la que retorna a las quebradas). En el área de El Yunque no existen rocas ni depósitos no-consolidados que formen acuíferos de importancia. Las rocas son generalmente de origen volcánico, induradas y de baja porosidad. Los suelos son de poco espesor y lo empinado de las laderas de El Yunque promueve que el agua que se infiltra a los suelos descargue rápidamente a los cientos de quebradas y riachuelos en el bosque. Los estimados del balance de agua en El Yunque obtenido en los estudios llevados a cabo como parte de las investigaciones del IIDT y el LEF se resumen en la siguiente tabla.