El Yunque disfruta de lluvia abundante esencialmente todo el año, resultantes primordialmente de procesos orográficos ocasionados por el movimiento de aire húmedo desde el océano hacia la Sierra de Luquillo. En su ascenso por las laderas noreste de El Yunque, la humedad se condensa resultando en lluvias abundantes la mayor parte del año. La elevación del Yunque resulta en disminuciones en temperaturas en el terreno, lo que promueve condensación directa de parte de la humedad en las nubes al hacer contacto con la vegetación y los suelos del área. Vaguadas, temporales y huracanes periódicos proveen lluvias de gran magnitud en tiempos cortos que contribuyen a que El Yunque sea la zona más lluviosa en Puerto Rico.
La lluvia (denominada precipitación, P) en El Yunque es determinada en redes pluviométricas operadas por el NWS, el USGS, el IITF, y otras organizaciones que llevan a cabo investigaciones en la reserva. Estas estaciones determinan la lluvia instantánea y diaria, lo que a su vez permite determinar los promedios anuales de P (definida como Pa de aquí en adelante). El NWS publica los mapas oficiales de distribución de Pa, donde se ilustran contornos con valores similares en pulgadas por año (multiplique por 25.4 para convertir las pulgadas a milímetros). La sección para El Yunque del mapa de Pa más reciente del NWS se ilustra en la figura a continuación (interpolada a contornos de 5 pulgadas).