Los ríos de las provincias Norte, Oeste y Este mantienen un flujo perenne en comparación con la mayor parte de los cauces en la Provincia del Sur, debido a su mayor área de captación y mayor cantidad de lluvia sobre sus cuencas. La abundancia de lluvia y escorrentía en las laderas del norte ha resultado en la construcción de embalses en la mayor parte de los ríos principales de las dos regiones. En la Región Norte, se han desarrollado embalses principales en el Río Guajataca (Embalse Guajataca); el Río Grande de Arecibo (Embalses Caonillas, Dos Bocas, Garzas); el Río Grande de Manatí (Guineo y Matrullas); el Río de La Plata (Embalses Carite, Comerío I y II, y La Plata); el Río Bayamón (Embalse Cidra); el Río Grande de Loíza (Embalse Loíza, también conocido como Carraízo). En la Región Oeste, los embalses Yahuecas y Guayo ubican en la cuenca del Río Grande de Añasco, aunque el agua es desviada hacia la cuenca del Río Yauco en la Región Sur. En la Región Este, donde la lluvia y la escorrentía son también abundantes gracias a las lluvias copiosas sobre la Sierra de Luquillo, se han construido dos nuevos embalses en las cuencas del Río Fajardo (Embalse Fajardo) y el Río Blanco (Embalse Río Blanco).
En comparación, una gran parte de los ríos y quebradas en las laderas de la Región Sur son intermitentes, en parte debido a la menor lluvia y mayor evapotranspiración en la provincia, pero también por los efectos de los embalses en sus cabeceras en la Cordillera Central. Los ríos principales de la Región Sur afectados por embalses incluyen el Río Grande de Patillas (Embalse Patillas), el Río Jacaguas (embalses de Toa Vaca y Guayabal), el Río Bucaná (Embalse Cerrillos), el Río Yauco (Embalse Lucchetti) y el Río Loco (Embalse Loco). Al presente se construye el Embalse Portugués en el Río Portugués cerca de Ponce.
El artículo en el link abajo provee información adicional y detalles sobre las áreas de captación de los ríos principales en Puerto Rico (datos del 2004), y de sus características hidrológicas, incluyendo: flujos mínimos; flujos promedios; descargas máximas; la frecuencia de los flujos; y el caudal durante sequías moderadas y extremas (pulse el artículo para abrirlo en PDF y bajarlo). La página del USGS en el menú en el INICIO contiene datos históricos de los flujos indicados en cientos de estaciones en la Isla, tanto activas como inactivas.